小麦茎基腐病易与纹枯病混淆，需注意区分：小麦茎基腐病是由假禾谷镰孢菌、禾谷镰孢菌等多种真菌复合侵染的土传病害，主要从根部和茎基部侵入，一生均可发生，属于“可防、可控、难治”型病害。

小麦茎基腐病识别特征

灌浆期：白穗一般点状发生。

简单但有用的区分点：拔取病株时感觉省力，病株多从茎秆基部折断，通常不带根；湿度大时，茎节处可见红色或白色霉层。该病一般可造成减产20%-70%，严重时可导致绝产，务必重视防治。

小麦茎基腐病如何防治？

1. 播前深翻灭茬。也就是处理好秸秆，既然秸秆不允许焚烧，那最好粉碎或腐熟还田，播前深翻整地深翻灭茬，尽可能减少土壤表层上的秸秆，降低菌源基数，其实如何处理秸秆一直是个难题，秋收秋种本身时间紧，不然也不会叫“抢收抢种”，往往没有足够的时间够让秸秆腐熟还田，但是秸秆的有效处理十分重要，也没有那么多时间，这个不仅仅能针对茎基腐病，秸秆的有效处理，同样可以减轻纹枯病等危害。
2. 播时种子处理，也就是做好种子处理。土传病害种子处理药剂是非常必要的，也是关键的措施之一。冬小麦播种后至越冬前是小麦茎基腐病菌侵染的关键时期，选用对路药剂做好种子包衣或拌种处理可有效预防病害发生。可选药剂还是比较多的，比如咯菌腈•噻虫胺，苯醚甲环唑•咯菌腈•噻虫嗪、戊唑醇•吡虫啉、吡唑醚菌酯•灭菌唑、咯菌腈•嘧菌酯、苯醚甲环唑•咯菌腈、氰烯菌酯•戊唑醇等。做好种子处理，既可以预防茎基腐病，也可以兼治小麦腥黑穗病，蚜虫等，一举多得。
3. 苗期喷药防治。返青至拔节期是控制小麦茎基腐病春季发生危害重要时期。可选丙环唑·嘧菌酯、噻呋酰胺、唑醚·氟环唑、丙硫菌唑、丙硫唑等喷灌小麦根茎部，同时兼治纹枯病、根腐病等土传病害。也可以使用芽孢杆菌、木霉菌等生防制剂及植物诱抗调节剂拌种或喷雾，对小麦茎基腐病也有一定的防治效果。